২০০৪ সালের ২৬শে ডিসেম্বর অমৃতপুরী এবং আশেপাশের তটবর্তী এলাকার গ্রামগুলি যখন ত্সুনামি আক্রান্ত হয় আম্মার আশ্রম ত্রাণকার্যের কেন্দ্রস্থল হয়ে ওঠে. নিকটবর্তী অঞ্চলে ১৪০ জন মারা পড়ে এবং অগণিত গৃহ ধ্বংস হয়ে যায়. আম্মা স্বয়ং হাঁটুজলে নেমে আশ্রমে উপস্থিত প্রায় ২০,০০০ লোককে নিরাপদে খাঁড়ির ওপারে নিয়ে যাবার ব্যবস্থা পরিচালনা করেন. তিনি তাঁর শিষ্যদের বন্যা আক্রান্ত গ্রামগুলিতে পাঠান খোঁজ নিতে এবং আহত ও মরনাপন্ন কেউ থাকলে তাদের উদ্ধার করতে.
আম্মা তাঁর হাসপাতাল এইমস থেকে পূর্ব এবং পশ্চিম তটে অ্যাম্বুলেন্স, চিকিত্সক দল এবং ওষুধ-পত্র পাঠালেন ত্রাণকার্যে. সেই সঙ্গে শরণার্থী শিবিরে হাজার হাজার মানুষের খাওয়া দাওয়ার বন্দোবস্তও করা হয়. পরদিন সকালে তিনি অমৃতা বিশ্ববিদ্যালয়ে স্থাপিত শরণার্থী শিবির পরিদর্শন করতে যান. তাদের সান্ত্বনা দেন এবং তাদের দুঃখের অংশ গ্রহণ করেন. এর কয়েকদিন পরে আশ্রম শোকগ্রস্ত গ্রামবাসীদের সমবেত দাহকার্যে সাহায্য করে এবং এক হাজারের বেশী ভক্ত মৃতের আত্মাদের শান্তির জন্য প্রার্থনা করে.
তামিলনাড়ুর সর্বাধিক ক্ষতিগ্রস্ত এলাকায় পরবর্তী কয়েকমাস ব্যাপী মঠ ১৮০ টনের বেশী খাদ্যবস্তু বিতরণ করে এবং মানসিক সহায়্তা প্রদান করে. জেলেদের নৌকো মেরামত করা হয় এবং শত শত নতুন নৌকাও দেওয়া হয়.
ত্সুনামী পীড়িতদের জন্য মঠ ভারতে ৬২০০ এবং শ্রীলংকায় ৭২টি গৃহ নির্মাণ করেছে. প্রকল্পের শেষ পর্য্ন্ত পূর্বঘোষিত ১০০ কোটি টাকার জায়্গায় ত্সুনামী প্রকল্পের সহায়্তা গিয়ে ২০০ কোটি টাকার বেশী হয়ে যায়. ক্ষতিগ্রস্ত পরিবারের ২,৫০০ যুবক যুবতীকে মঠ বিনামূল্যে বিভিন্ন অর্থকরী বিদ্যায় শিক্ষা প্রদান করে. তাদের মধ্যে ছিল – শিক্ষক, নার্স, ড্রাইভার, ছুতোর, রাজমিস্ত্রী, সিকিউরিটি অফিসার, ইত্যাদি. শত শত সেলাই মেশিন বিনামূল্যে বিতরণ করা হয়.
